1840 schloss Morgan sein Studium am Union College ab und ging zurück nach Aurora, wo er sich für die Rechtswissenschaften einschrieb. Er studierte die griechischen und römischen Klassiker.

Bekanntheit erreichte Morgan durch seine Feldforschungen bei den Irokesenvölkern. Stark betroffen von der Ungerechtigkeit, mit der die Indigenen Völker von der Amerikanischen Regierung behandelt wurden, half Morgan den Seneca juristisch in ihrem Kampf gegen die Odgen Land Company. Er wurde von den Seneca als einer der Ihren adoptiert. Sie gaben ihm den Namen "Tayadaowuhkuh" - "einer der Brücken baut" (zwischen Indianern und Weißen).

Morgan vertrat die Theorie, dass sich die menschliche Kultur linear entwickelte. So würden alle Kulturen drei Stufen durchlaufen: von der Stufe der Wildheit würden sie zur Barbarei und anschließend zur Zivilisation entwickeln. Nach Morgan würden alle Völker diese Entwicklung durchlaufen müssen.

• Wilde: Die niedrigste kulturelle Entwicklungsstufe kennt keine Viehhaltung und keine Nahrungskonservierung, sondern ca. grundlegende Ernährung durch wildwachsende Pflanzen und die Jagd.
• Barbarei: Landwirtschaft und Viehaltung
• Zivilisation: Die Stufe der Zivilisation zeichnet sich durch die Entwicklung der Schrift, d.h. der Geschichtsschreibung aus. Dadurch können Vergangenheit und Zukunft verbunden werden und eine weitere Entwicklung wird ermöglicht.

Daneben vertrat Morgan die Idee, dass zu Beginn der Menschheitsentwicklung alle Völker matriarchal gewesen seien und die Entwicklung zu dem Patriarchat gleichzusetzen sei mit dem Erreichen der Zivilisation. Seiner Theorie nach ging die matriarchale Kulturstufe einher mit kollektivem Eigentum. Als sich Privateigentum mehr und mehr herausbildete, entstanden parallel dazu patriarchale Gesellschaftsstrukturen. Friedrich Engels übernahm diese Theorie von Morgan und verfeinerte sie.

Morgans Hauptwerk, Ancient Society stammt aus dem Jahr 1864 und begründet seinen kulturellen Evolutionismus, wie er auch von Henry Spencer , Edward B. Tylor und Friedrich Engels vertreten wurde. Die Theorie basiert auf einem Vergleich zwischen Gesellschaften verschiedener Entwicklungsstufen. Dabei unterscheidet Morgan insbesondere zwischen einer auf persönlichen Beziehungen beruhenden "Societas" und einer auf Besitz und Region beruhenden "Civitas", womit er die theoriegeschichtliche Vorlage für Ferdinand Tönnies' Unterscheidung von Gemeinschaft und Gesellschaft lieferte.

Aus heutiger Sicht und nach heutigem Forschungsstand ist diese lineare Betrachtungsweise ungenügend, um die Entwicklung der Kulturen zu erklären. Sie gilt als ethnozentristisch und beinhaltet eine Wertung, die die westliche, zivilisierte Welt an die Spitze der Entwicklung stellt und gleichzeitig andere Kulturen als unterentwickelt und primitiv einstuft.

Morgan wurde in die American Association for the Advancement of Science aufgenommen und war ein Mitglied der National Academy of Sciences. Das sind die zwei höchsten Ehrungen, die ein Anthropologe in der amerikanischen Wissenschaft erhalten kann.